Na szczególną uwagę zasługują obszary ochrony strefowej. Na terenie administrowanym przez Nadleśnictwo Katowice zlokalizowane są 3 strefy ochrony całorocznej i okresowej o łącznej powierzchni 105,43 ha, utworzone dla bociana czarnego oraz iglicy małej.
         Na obszarze Nadleśnictwa zainwentaryzowano w 2015 roku 220 mrowisk mrówki rudnicy oraz mrówki ćmawej. Mrowiska te w celu wzmocnienia populacji, wzbogacane były wcześniej poprzez wszczepianie do nich form płciowych mrówki rudnicy. Działania te realizowane były pod auspicjami działającej na terenie RDLP (przy Nadleśnictwie Prószków ) jedynej w polskich lasach stacji badania i hodowli mrówek.
     Od 1991 roku na terenie Nadleśnictwa Katowice, na skraju lasu w Mikołowie -Kamionce istnieje ośrodek rehabilitacji dzikich zwierząt „Leśne Pogotowie", prowadzony przez pracownika Nadleśnictwa Katowice – Jacka Wąsińskiego. Istnienie ośrodka przyczyniło się do uratowania wielu zwierząt - przedstawicieli rodzimej fauny, jak np. sowy, sokoły, łabędzie, bociany, sarny, dziki itp.

     Poniżej zestawiono chronione i rzadko występujące gatunki roślin, grzybów i zwierząt stwierdzone lub zaobserwowane na gruntach Nadleśnictwa Katowice wg dostępnej literatury, danych nadleśnictwa oraz informacji zebranych w trakcie prac urządzeniowych:

Rośliny: Barwinek (Vinca minor), Ciemiężyca zielona (Veratrum lobelianum), Dziewięcił bezłodygowy (Carlina acaulis), Konwalia majowa (Convallaria maialis), Kosaciec syberyjski (Iris sibirica), Listera jajowata (Listera ovata), Paprotnik kolczysty (Polystichum aculeatum), Podrzeń żebrowiec (Blechnum spirant), Przytulia wonna (Galium odorata), Rosiczka okrągłolistna (Drosera rotundifolia), Storczyki (Orchidaceae sp.), Wawrzynek wilczełyko (Daphne mezereum), Widłak goździsty (Lycopodium clavatum), Bagno zwyczajne (Ledum palustre), Bluszcz pospolity (Hedera helix), Bobrek trójlistkowy (Menyanthes trifoliata), Centuria pospolita (Centaurium umbellatum), Czosnek niedzwiedzi (Alium ursinum), Gnieźnik leśny (Neottia nidus-avis), Goryczka trojeściowa (Gentiana asclepiadea), Kalina koralowa (Viburnum opulus), Kopytnik pospolity (Asarum europaeum), Liczydło górskie (Streptopus amplexifolius), Pióropusznik strusi (Matteuccia struthiopteris), Pokrzyk wilcza jagoda (Atropa belladonna), Porzeczka czarna (Ribes nigrum), Długosz królewski (Osmunda regalis), Skrzyp olbrzymi (Eqisetum telmateia), Widłak wroniec (Lycopodium selago), Kruszyna pospolita (Frangula alnus), Przylaszczka pospolita (Hepatica nobilis),

Porosty: Brodaczkowate (Usneaceae sp.),

Grzyby: Flagowiec olbrzymi (Meripilus giganteus), Szmaciak gałęzisty (Sparassis sp.),

Zwierzęta: Ślimak winniczek (Helix pomatia), Trzmiel ziemny (Bombus terrestris), Trzmiel kamiennik (Bombus lapidarium), Trzmiele pozostałe gatunki (Bombus sp.), Biegacze (Carabus sp.), Ciołek matowy (Dorcus parallelipipedus), Mrówka rudnica (Formica rufa), Tygrzyk paskowany (Argiope bruennichi), Ropucha zielona (Bufo viridis), Ropucha szara (Bufo bufo), Rzekotka drzewna (Hyla arboreta), Kumak nizinny (Bombina variegata), Żaba wodna (Rana esculenta), Żaba trawna (Rana temporaria), Traszka grzebieniasta (Triturus cristatus), Traszka zwyczajna (Tirturus vulgaris), Jaszczurka zwinka (Lacerta agilis), Jaszczurka żyworodna (Lacerta vivipara), Padalec (Anguis fragilis), Zaskroniec (Natrix natrix), Żmija zygzakowata (Vipera Berus), Bocian biały (Ciconia ciconia), Bocian czarny (Ciconia nigra), Cierniówka (Sylvia communis), Czajka (Vanellus vanellus), Drozd śpiewak (Turdus philomelos), Dzięcioł duży (Dendrocopos major), Dzwoniec (Carduelis chloris), Gąsiorek (Lanius collurio), Gil (Pyrrhula pyrrhula), Grubodziób (Coccothraustes), Jaskółka brzegówka (Riparia riparia), Jaskółka dymówka (Hirundo rustica), Jaskółka oknówka (Delichon urbicum), Jerzyk (Apus apus), Kokoszka wodna (Gallinula chlorapus), Kopciuszek (Phoenicurus ochruros), Kos (Turdus merula), Kowalik (Sitta europaea), Krogulec (Accipiter nisus), Kukułka (Cuculus canorus), Kwiczoł (Turdus pilaris), Łabędź niemy (Cygnus olor), Mewa śmieszka (Larus ridibundus), Muchołówka szara (Musciscapa strata), Mysikrólik (Regulus reguluj), Myszołów (Buteo buteo), Pełzacz leśny (Certhia familiaris), Perkozek (Tachybaptus ruficollis), Perkozy (Podiceps sp.), Piegża (Sylvia curruca), Pierwiosnek (Phylloscopus collybita), Pleszka (Phoenicurus phoenicurus), Pliszka siwa (Motacilla alba), Pokrzewka ogrodowa (Sylvia borin), Pustułka (Falco tinniculus), Puszczyk (Strix aluto), Remiz (Remiz pendulinus), Rudzik (Erithacus rubecula), Sierpówka (Streptopelia decaocto), Sikora bogatka (Parus major), Sikora modra (Parus careruleus), Sikora sosnówka (Parus ater), Sikora uboga (Parus palustris), Skowronek polny (Alauda arvensis), Sójka (Garullus glandaricus), Strzyżyk (Troglodydes troglodydes), Szczygieł (Carduelis carduelis), Szpak (Sturnus vulgaris), Świstunka (Phylloscopus sibilatrix), Trznade (Embriza citrinella), Wilga, Zięba (Fringila coelebs), Wydra (Lutra Lutra), Ryjówka aksamitna (Sorex araneus), Zębiełki (Crocidurinae), Kret (Talpa europaea), Jeż wschodni (Erinaceus europaeus), Wiewiórka (Sciurus vulgaris), Łasica (Mustela nivalis), Nietoperze (Chiroptera sp.).